Museum Puro Paku Alaman menempati tiga ruangan di dalam Kompleks Puro Pakualaman di bagian sayap muka sebelah timur. Untuk menuju museum melewati pintu gerbang yang disebut Regol Wiwara Kusuma. Pada bagian atasnya berhiaskan lambang mahkota Praja Paku Alaman, lunglungan tanaman dan angka tahun pembuatannya tanggal 7 Agustus 1884 pada pemerintahan Sri Paku Alam V.

Koleksi museum Puro Paku Alaman terdiri dari benda-benda bersejarah berupa peralatan perang, peralatan upacara, peralatan masak, kereta-kereta yang pernah digunakan oleh penguasa Puro Paku Alaman, dan naskah-naskah kuno yang ditata di dalam 3 ruang pameran tetap.